Edebiýat paýlaşygy: Günbatar Afrikadaky ýabany kiçi süýdemdirijileriň wirus profilini öwrenmek täze wiruslary we zoonotik töwekgelçilikleri ýüze çykarýar

Ýakynda çap edilen bir gözlegMikrobiomGünbatar Afrikanyň Sýerra-Leone şäherinde ýygnalan 846 ýabany kiçi süýdemdiriji haýwanda — şol sanda ýarasalar, kemirgenler we çilekler — wirus metagenomiki seljermesini geçirdi. Bu gözlegde süýdemdiriji haýwanlar bilen baglanyşykly jemi 39 RNT wirusy anyklandy, olaryň arasynda 26 täze we 13 öň belli bolan wirus bar. Bularyň arasynda Paramiksoviridae maşgalasy iň ýokary dürlüligi görkezdi, kemirgenler bolsa iň köp wirus görnüşini özünde jemledi (n = 26).

Zoonotik töwekgelçiligiň bahalandyrmasy üç sany belli zoonotik wirusy — ensefalomiokardit wirusy, Lassa wirusy we Rokahepewirus sp. — şeýle hem ýaýramak howpy bolan üç wirusy — Melian wirusy, kemirgen gepatit wirusy we Hunnivirus A-ny ýüze çykardy. Täze anyklanan wiruslaryň arasynda Bat ledantevirus 2 adama ýokuşýan Le Dantec wirusy bilen iň ýakyn filogenetik gatnaşygy görkezdi. Serologiki analiz ýerli ýaşaýjylaryň 2,8% -inde bu wirusa garşy neýtrallaşdyryjy antitelalary hem ýüze çykardy, bu bolsa öň, ähtimal, adamlarda ýüze çykarylmadyk hadysa bolandygyny görkezýär.

Bu netijeler Günbatar Afrikada kemirgenleriň agdyklyk edýän uly wirus rezerwuarynyň bardygyny görkezýär we adam-haýwan serhedinde integrasiýalaşdyrylan gözegçilik strategiýalarynyň möhümdigini nygtaýar. Metagenomik barlagy serologiki tassyklama bilen utgaşdyrmak zoonotik we ýaýrama mümkinçiligi bolan wiruslary anyklamak üçin ygtybarly çarçuwany üpjün edýär.

Soňky onýyllygyň dowamynda adamlarda ýüze çykýan ýokanç keselleriň 60% -den gowragy haýwan suw howdanlaryndan gelip çykýar, ýarasalar, kemirgenler we çilekler zoonotik wiruslaryň esasy eýeleri hökmünde ykrar edilýär. Afrika zoonotik keselleriň iň köp ýaýran ýeri hökmünde giňden kabul edilýär. Mysal üçin, Sýerra-Leonede 2014-2016-njy ýyllar aralygynda Ebola ýokançlygy döwründe 28,000-den gowrak ýagdaý hasaba alyndy.

Bu sebitde zoonotik keselleriň uly agramlylygyna garamazdan, ýabany kiçi süýdemdirijilerde wiruslaryň dürlüligi we ýaýrawy ýeterlik derejede häsiýetlendirilmän galýar. Bu boşlugy aradan aýyrmak üçin ylmy işgärler 2018-nji we 2023-nji ýyllar aralygynda Sýerra-Leonede üç ýerde tutulan 846 ýabany kiçi süýdemdirijiniň wirus analizini geçirdiler. Bu barlag wirus dürlüligini häsiýetlendirmegi, görnüşleriň arasynda geçiş mümkinçiligi bolan dalaşgärleri kesgitlemegi, zoonotik töwekgelçiligi baha bermegi we täze döreýän ýokanç keseller barada irki duýduryş ulgamlaryny goldamak üçin subutnamalary döretmegi maksat edinýär.

Esasy usullar

Bu gözlegde wirus metagenomikasynyň giňişleýin iş akymy ulanyldy:

• Nusga işleniş:Ýürek, bagyr, dalak, öýken we böwrek dokumalary ýygnaldy, birleşdirildi, gomogenleşdirildi we umumy RNK ekstraksiýasyna sezewar edildi.
• Yzygiderlilik we ýygnamak:Kitaphana gurulmazdan öň ribosomal RNK-nyň azalmagy amala aşyryldy, soňra Illumina NovaSeq 6000 platformasyny ulanyp ýokary öndürijilikli yzygiderlilik geçirildi. Wirusyň kontigleri täze ýygnaldy.
• Wirusyň identifikasiýa edilmegi:Wiruslar RNK-garaşly RNK polimeraza (RdRp) geniniň deňleşdirilmegine esaslanyp kesgitlenildi. Bakteriýa, kömelek we ösümlik wiruslaryndan başga, diňe oňurgaly haýwanlar bilen baglanyşykly wiruslar saklanyp galdy.
• Bioinformatika seljermesi:Filogenetiki täzeden gurmak, rekombinasiýa seljermesi, görnüşleriň arasyndaky geçiş ulgamynyň modelleşdirilmegi we zoonotik töwekgelçiligiň bahalandyrylmagy geçirildi.
• Serologik tassyklama:Bat ledantewirus 2 üçin VSV esasynda psewdowirusyň neýtrallaşdyryş synagy işlenip düzüldi. Neýtrallaşdyryjy antitela adam serumlarynyň 2,8% -inde ýüze çykaryldy, bu bolsa zoonotik geçişiň mümkindiginiň subutnamasyny berýär.
  

  OkuwNetijeler

  1. Wirusyň açylyşy we dürlüligi

  Bu gözlegde Sýerra-Leonede ýygnalan 846 ýabany haýwanyň, şol sanda kemirgenleriň, ýarasalaryň we gyrymsylaryň transkriptomik yzygiderlilik seljermesi geçirildi. Doly RNK-garaşly RNK polimeraza (RdRp) gen yzygiderliklerine esaslanyp, öň belli bolan 13 wirus we 26 täze wirusdan ybarat bolan jemi 39 süýt emdiriji bilen baglanyşykly RNK wirusy anyklandy.

  Wirus düzümi babatda Paramyxoviridae maşgalasy üç hojalyk toparynyň arasynda iň ýokary derejede dürlüligi görkezdi, ondan soň Astroviridae we Picornaviridae gelýär. Hojalyk ýaýrawy babatda kemirgenler wirus dürlüliginiň iň uly bölegini goşdular, jemi 26 wirus görnüşini sakladylar, bu bolsa olaryň sebitde wirus dürlüliginiň gorlary hökmünde görnükli ornuny görkezýär.

  2. Zoonotik howp

  Zoonotik töwekgelçiligiň bahalandyrmasy netijesinde üç sany belli zoonotik wirus ýüze çykaryldy: ensefalomiokardit wirusy, Lassa wirusy we Rokahepewirus görnüşleri. Mundan başga-da, üç wirus — Melian wirusy, kemirgen gepatit wirusy we Hunniwirus A — ýaýramak howpunyň bolmagy mümkindigi anyklandy.

  Täze açylan 26 wirusyň arasynda filogenetik we genom aýratynlyklaryna esaslanyp, dört wirusyň ýokary zoonotik potensiala eýe bolmagy çaklanyldy. Belli bir zat, Bat ledantevirus 2 adama ýokuşýan belli Le Dantec wirusy bilen iň ýakyn filogenetik gatnaşygy görkezdi.

  Soňraky serologiki barlaglar bu netijäni has-da tassyklady, sebäbi ýerli ýaşaýjylardan alnan syworotkalaryň 2,8% -inde Bat ledantewirus 2-e garşy neýtrallaşdyryjy antitela tapyldy. Bu netije, adamlaryň arasynda eýýäm ýüze çykan ýa-da alamatsyz infeksiýalaryň bolandygyny görkezýär, bu bolsa zoonotik geçiş ýolunyň mümkindigini, ýöne öň anyklanmadykdygyny görkezýär.

  3. Görnüşleriň özara geçiş dinamikasy

  Görnüşleriň arasynda geçiş seljermesi kemirgenleriň wirus paýlaşmak ulgamynda merkezi orny eýeleýändigini we eýe görnüşleriň arasynda wirus alyş-çalşygyny ýeňilleşdirýän esasy düwünler hökmünde hereket edýändigini görkezdi. Jemi 15 wirusyň görnüşleriň arasynda geçiş mümkinçiligi bardygy anyklandy.

  Tersine, wiruslaryň özara tertipli geçiş nusgalarynyň mundan beýläk seljerilmegi wiruslaryň paýlaşylmagynyň şol bir taksonomiki tertipde ýerleşýän eýeleriň arasynda has köp bolýandygyny görkezdi, bu bolsa eýe bilen baglanyşyklylygyň geçiş dinamikasynda möhüm rol oýnaýandygyny görkezýär. Tersine, ýarasalar özara tertipli geçiş üçin deňeşdirme boýunça has pes ukyby görkezdiler.

  Esasy zat, käbir wiruslarda hojaýynlaryň ýaýramagynyň subutnamalary syn edildi. Mysal üçin, öň skrewlere mahsus hasaplanýan Melian wirusy bu gözlegde kemirgenlerde hem ýüze çykaryldy, bu bolsa hojaýynlaryň uýgunlaşma ukybynyň üýtgemeginiň we has giň ýaýrama howpunyň ýokarlanmagynyň mümkindigini görkezýär.

  

  Netijeler we jemgyýetçilik saglygyna täsirler

  • Ýabany kiçi süýdemdirijilerde wiromlaryň ýokary dürlüligi:26 täze görnüşi öz içine alýan 39 RNT wirusyň tapylmagy sebitde uly wirus goruny açýar we ilkinji gezek ýokary zoonotik potensiala eýe bolan täze wiruslar (meselem, Bat ledantevirus 2) barada habar berýär.
  • Kemirgenler gözegçilik üçin ileri tutulýan maksatlar hökmünde:Kemirgenler wirusyň ýaýramagynyň esasy merkezleri bolup hyzmat edýärler we iň ýokary wirus dürlüligini saklaýarlar, bu bolsa iň uly ýaýrama howpuny döredýär.
  • Integrasiýalaşdyrylan gözegçilik strategiýalaryna zerurlyk:Netijeler işjeň gözegçilik maksatnamalarynda kemirgenlere ileri tutulýan ugurlary kesgitlemegi we adam bilen ýabany tebigatyň arasyndaky serhetlerde metagenomikany, serologiýany we ekologik gözegçiligi birleşdirýän toplumlaýyn çemeleşmeleri ornaşdyrmagy goldaýar.

  Umuman alanyňda, bu gözleg täze zoonoz keselleri üçin irki duýduryş ulgamlaryny we töwekgelçilikleri bahalandyrmak üçin möhüm subutnamalary hödürleýär we ýokary töwekgelçilikli sebitlerde proaktiw gözegçiligiň möhümdigini güýçlendirýär.

  Önüm barada maglumat