Inçekesel diagnozyny we dermanlara garşylygy anyklamak üçin täze ýarag: Inçekesel gipersensiwligini anyklamak üçin maşyn öwrenmesi bilen utgaşdyrylan täze nesil maksatly yzygiderlilik (tNGS)
Edebiýat hasabaty: KKT: tNGS we maşyn öwrenmegine esaslanýan diagnostika modeli, ol bakteriýalary az bolan inçekesel we tuberkulýoz meningiti bolan adamlar üçin amatly.
Tezis ady: Inçekesel üçin niýetlenen indiki nesil yzygiderliligi we maşyn öwrenmegi: dem alyş öýken turbajyklary we turbajyk meningit üçin örän duýgur diagnostika strategiýasy.
Döwürleýin: 《Clinica Chimica Acta》
EGER：6.5
Neşir edilen senesi: 2024-nji ýylyň ýanwary
Hytaý Ylymlar Akademiýasynyň Uniwersiteti we Paýtagt Lukmançylyk Uniwersitetiniň Pekin Döş Hassahanasy bilen bilelikde, “Macro & Micro-Test” täze nesil maksatly yzygiderlilik (tNGS) tehnologiýasyna we maşyn öwrenme usulyna esaslanýan inçekesel diagnoz modelini döretdi, bu bolsa az bakteriýa we inçekesel meningiti üçin örän ýokary anyklaýyş duýgurlygyny üpjün etdi, iki görnüşli inçekeseliň kliniki diagnozy üçin täze gipersensitiwlik diagnoz usulyny üpjün etdi we inçekeseliň takyk diagnozyny, dermanlara garşylyklylygyny anyklamaga we bejermäge kömek etdi. Şol bir wagtyň özünde, hassanyň plazmasyndaky cfDNK-nyň TBM diagnozynda kliniki nusga almak üçin amatly nusga görnüşi hökmünde ulanylyp bilinjekdigi anyklandy.
Bu gözlegde iki kliniki kohorta döretmek üçin 227 plazma we omurga-beýni suwuklygynyň nusgalary ulanyldy, bu ýerde laboratoriýa diagnostika kohortasynyň nusgalary inçekesel diagnostikasynyň maşyn öwrenme modelini döretmek üçin ulanyldy we kliniki diagnostika kohortasynyň nusgalary döredilen diagnostika modelini barlamak üçin ulanyldy. Ilki bilen ähli nusgalar Mycobacterium tuberculosis üçin ýörite işlenip düzülen nyşana alnan zond howdany tarapyndan nyşana alyndy. Soňra, TB-tNGS yzygiderlilik maglumatlaryna esaslanyp, karar agajynyň modeli laboratoriýa diagnostika nobatynyň okuw we barlamak toplumlarynda 5 esse özara barlamak üçin ulanylýar we plazma nusgalarynyň we omurga-beýni suwuklygynyň nusgalarynyň diagnostika bosagalary alynýar. Alnan bosaga anyklamak üçin kliniki diagnostika nobatynyň iki synag toplumyna girizilýär we öwrenýäniň diagnostika görkezijileri ROC egrisi arkaly bahalandyrylýar. Ahyrsoňy, inçekesel diagnostikasynyň modeli alyndy.
1-nji surat. Ylmy-barlag dizaýnynyň shematik diagrammasy
Netijeler: Bu gözlegde kesgitlenen CSF DNK nusgasynyň (AUC = 0.974) we plazma cfDNK nusgasynyň (AUC = 0.908) anyk bosagalaryna görä, 227 nusganyň arasynda CSF nusgasynyň duýgurlygy 97.01%, spesifikligi 95.65%, plazma nusgasynyň duýgurlygy we spesifikligi bolsa 82.61% we 86.36% boldy. TBM näsaglaryndan plazma cfDNK we beýni-oňurga suwuklygynyň DNK-synyň 44 jübüt nusgasynyň seljermesinde, bu gözlegiň diagnostika strategiýasy plazma cfDNK-synda we beýni-oňurga suwuklygynyň DNK-synda 90.91% (40/44) ýokary yzygiderlilige eýe we duýgurlyk 95.45% (42/44). Öýken inçekeselli çagalarda bu gözlegiň diagnostika strategiýasy şol bir näsaglardan aşgazan suwuklygynyň nusgalarynyň Xpert anyklaýyş netijelerine garanda plazma nusgalaryna has duýgurdyr (28.57% VS 15.38%).
2-nji surat. Ilat nusgalary üçin inçekesel diagnoz modeliniň seljerme görkezijileri
Şekil 3 Jübüt nusgalaryň diagnostika netijeleri
Netije: Bu gözlegde inçekesel üçin ýokary duýgurlykly diagnostika usuly döredildi, ol oligobasiller tuberkulýozly kliniki näsaglar üçin iň ýokary anyklaýyş duýgurlygy bolan diagnostika guralyny üpjün edip biler (negatiw medeniýet). Plazma cfDNK-syna esaslanýan ýokary duýgurlykly tuberkulýozy anyklamak, işjeň tuberkulýoz we tuberkulýoz meningitini anyklamak üçin amatly nusga görnüşi bolup biler (beýni tuberkulýozy güman edilýän näsaglar üçin plazma nusgalaryny ýygnamak beýni omurga suwuklygyna garanyňda has aňsat).
Asyl baglanyşyk: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/s0009898123004990? via%3Dihub
Makro we Mikro-Test tuberkulýoz seriýasyny anyklaýyş önümleriniň gysgaça tanyşdyrylyşy
Inçekesel hassalarynyň çylşyrymly nusga ýagdaýyny we dürli zerurlyklaryny göz öňünde tutup, “Macro & Micro-Test” kompaniýasy balgam nusgalaryndan suwuklandyrma usulynda çykarmak, “Qualcomm” kitaphanasyny gurmak we yzygiderliklemek, şeýle hem maglumatlary seljermek üçin NGS çözgütleriniň doly toplumyny hödürleýär. Önümler inçekesel hassalarynyň çalt diagnozyny, inçekeseliň dermanlara garşylygyny anyklamak, mikobakterium tuberkulýozynyň we NTM-iň tipini, bakteriýalara negatiw inçekesel we inçekeselli adamlaryň ýokary duýgurlyk diagnozyny we ş.m. öz içine alýar.
Tuberkulýoz we mikobakteriýalar üçin seriýaly anyklaýyş toplumlary:
| Haryt belgisi | önümiň ady | önüm synagynyň mazmuny | nusga görnüşi | degişli model |
| HWTS-3012 | Nusga çykaryş agenti | Kakyryk nusgalaryny suwuklaşdyrmak üçin ulanylýan, birinji derejeli rekord belgisi bolan Sutong Machinery Equipment 20230047 aldy. | balgam | |
| HWTS-NGS-P00021 | Ýokary duýgur inçekesel üçin Qualcomm mukdaryny anyklaýyş toplumy (zond tutmak usuly) | Bakteriýalara negatiw öýken inçekeseliniň we beýni düwünçekleriniň inwaziw däl (suwuk biopsiýa) ýokary duýgurlygy anyklamak; Inçekesel ýa-da inçekesel däl mikobakteriýalar bilen ýokuşandygy güman edilýän adamlaryň nusgalary ýokary çuňňur yzygiderlik metagenomikasy arkaly seljerildi we inçekesel ýa-da inçekesel däl mikobakteriýalaryň ýokuşandygyny anyklamak maglumatlary we mikobakteriýa tuberkulýozynyň esasy birinji derejeli derman garşylygy maglumatlary berildi. | Periferik gan, alweolýar lawaj suwuklygy, gidrotoraks we assit, fokus punksiýasy nusgasy, beýni-oňurga suwuklygy. | Ikinji nesil |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakteriýalary ýazmak we dermanlara garşylyk görkezmek üçin toplum (multipleks güýçlendirme yzygiderligini kesgitlemek usuly) | MTBC we 187 NTM-i öz içine alýan mikobakteriýa tipleşdiriş testi；Mycobacterium tuberculosis-iň dermanlara garşylyklylygyny anyklamak 13 dermany we dermanlara garşylykly genleriň 16 esasy mutasiýa ýerini öz içine alýar. | Balgam, alweolýar lawaj suwuklygy, gidrotoraks we assit, fokus punksiýasy üçin nusga, beýni-oňurga suwuklygy. | Ikinji/üçünji nesil iki platformaly |
Esasy zatlar: HWTS-NGS-T001 Mikobakteriýalary ýazmak we dermanlara garşylyk görkezmek üçin toplum (multipleks güýçlendirme usuly)
Önümiň tanyşdyrylyşy
Bu önüm BSGG-niň inçekesel bejeriş gollanmalarynda beýan edilen esasy birinji we ikinji derejeli dermanlara, NTM bejeriş gollanmalarynda giňden ulanylýan makrolidlere we aminoglikozidlere esaslanýar we derman garşylyk merkezleri BSGG-niň Mycobacterium tuberculosis toplumynyň mutasiýa katalogyndaky derman garşylygy bilen baglanyşykly merkezleriň bir toparynyň hemmesini, şeýle hem ýurt içinde we daşary ýurtlarda ýokary baha berlen edebiýatlaryň derňewlerine we statistikalaryna görä, beýleki habar berlen derman garşylygy genlerini we mutasiýa ýerlerini öz içine alýar.
Tipleşdiriş identifikasiýa Hytaýyň Inçekesel we Respirator Keseller Žurnaly tarapyndan çap edilen NTM gollanmalarynda jemlenen NTM ştammlaryna we bilermenleriň ylalaşygyna esaslanýar. Taýýarlanan tipleşdiriş primerleri 190-dan gowrak NTM görnüşini güýçlendirip, yzygiderlileşdirip we bellikläp bilýär.
Maksatly multipleks PZR güýçlendirme tehnologiýasy arkaly Mycobacterium-yň genotipleşdiriji genleri we dermana garşy genleri multipleks PZR arkaly güýçlendirildi we anyklanylmaly maksatly genleriň amplikon kombinasiýasy alyndy. Güýçlendirilen önümler ikinji nesil ýa-da üçünji nesil ýokary öndürijilikli yzygiderlik kitaphanalaryna gurulyp bilner we ähli ikinji nesil we üçünji nesil yzygiderlik platformalary maksatly genleriň yzygiderlik maglumatlaryny almak üçin ýokary çuňlukly yzygiderlikleşdirmäge sezewar edilip bilner. Içerki salgylanma maglumat bazasynda (BSGG Mycobacterium tuberculosis toplumynyň mutasiýa katalogyny we onuň dermana garşylyk bilen baglanyşygyny öz içine alýar) bar bolan belli mutasiýalar bilen deňeşdirmek arkaly, inçekesel garşy dermanlaryň dermana garşylygy ýa-da duýgurlygy bilen baglanyşykly mutasiýalar kesgitlenildi. Macro & Micro-Test-iň öz-özünden açylan kakyryk nusgasyny bejeriş çözgüdi bilen utgaşdyrylyp, kliniki kakyryk nusgalarynyň pes nuklein kislotasyny güýçlendirme netijeliligi meselesi (adaty usullardan on esse ýokary) çözüldi, şonuň üçin dermana garşylyk yzygiderligini anyklamak kliniki kakyryk nusgalaryna gönüden-göni ulanylyp bilner.
Önümi anyklaýyş diapazony
34derman garşylygy bilen baglanyşykly genler18tuberkulýoza garşy dermanlar we6NTM neşe serişdeleri anyklandy, olaryň arasynda297dermanlara garşylyk görkezýän ýerler; Mycobacterium tuberculosis-iň on görnüşi we ondan hem köp190NTM görnüşleri anyklandy.
1-nji tablisa: 18+6 +190+NTM dermanlary barada maglumat
Önümiň artykmaçlygy
Güýçli kliniki uýgunlaşma: balgam nusgalaryny medeniýetsiz öz-özüni suwuklaşdyryjy serişde bilen gönüden-göni anyklap bolýar.
Eksperimental operasiýa ýönekeý: güýçlendirme operasiýasynyň birinji tapgyry ýönekeý we kitaphananyň gurluşygy 3 sagadyň dowamynda tamamlanýar, bu bolsa işiň netijeliligini ýokarlandyrýar.
Ählitaraplaýyn tipleşdirme we derman garşylygy: kliniki aladalaryň esasy nokatlary bolan MTB we NTM-iň tipleşdirme we derman garşylygy ýerlerini öz içine almak, tipleşdirme we derman garşylygyny takyk anyklamak, garaşsyz seljerme programma üpjünçiligini goldamak we bir gezek basmak bilen seljerme hasabatlaryny döretmek.
Gatnaşyklylyk: önümiň utgaşyklylygy, esasy ILM we MGI/ONT platformalaryna uýgunlaşmak.
Önümiň spesifikasiýalary
| Önümiň kody | önümiň ady | Anyklaýyş platformasy | tehniki häsiýetnamalar |
| HWTS-NGS-T001 | Mikobakteriýalary ýazmak we dermanlara garşylygy anyklamak üçin toplum (multipleks güýçlendirme usuly) | ONT 、 Illumina 、 MGI 、 Salus pro | 16/96rxn |
Ýerleşdirilen wagty: 2024-nji ýylyň 23-nji ýanwary